I mai 2004 ble det ytret ønske fra ansatte i Norsk Luthersk Misjonssamband om at organisasjonen måtte få en forening som tar tak i lønn- og arbeidsspørsmål. Avisene Dagen og Vårt Land skrev flere saker om dette.

På bakgrunn av dette ble et interimsstyre dannet på forespørsel fra hovedkontoret. Ledet av dette var Kay E. Granli. På stiftelsesmøtet juni 2005 ble det bestemt at interimsstyret skulle jobbe frem vedtekter og samarbeidsavtale med NLM. Dette skulle legges frem på det første årsmøtet, 4. april 2006.
På dette møtet ble Trond Bjørsvik valgt som NLM-MAFs første leder.

Siden har en da har foreningen jobbet med mange saker. I 2007 var den økonomiske situasjonen i organisasjonen vanskelig. Det førte til at flere ansatte ble sagt opp (15 til 22 årsverk???). Dette ble den første store saken der MAF påvirket beslutninger som NLM har tok for sine ansatte.

Foreningen så tidlig at det er mange vanskelig saker som MAF involveres i. For å hjelpe seg juridisk har foreningen siden 2009 samarbeidet  med Kristelig Fagbevægelse (KRIFA). Den ble stiftet i Danmark i 1899 og etablerte seg i Norge i 2008.