Oppstart og visjon
I mai 2004 ble det ytret ønske fra ansatte i Norsk Luthersk Misjonssamband om at organisasjonen måtte få en forening som tar tak i lønn- og arbeidsspørsmål. På bakgrunn av dette ble et interimsstyre dannet på forespørsel fra hovedkontoret. Ledet av dette var Kay E. Granli. På stiftelsesmøtet i juni 2005 ble det bestemt at interimsstyret skulle jobbe frem vedtekter og samarbeidsavtale med Misjonssambandet. Dette skulle legges frem på det første årsmøtet, 4. april 2006. På dette møtet ble Trond Bjørsvik valgt som NLM-MAFs første leder.
Utfordringer og påvirkning
Siden oppstarten har foreningen jobbet med mange saker. I 2007 var den økonomiske situasjonen i organisasjonen vanskelig, som førte til at flere ansatte ble sagt opp. Dette ble den første store saken der MAF påvirket beslutninger som Misjonssambandet tok for sine ansatte.
Nytt samarbeid
Foreningen så tidlig at det er mange vanskelig saker som MAF involveres i. For å hjelpe seg juridisk har foreningen siden 2009 samarbeidet med KRIFA (Kristelig Fagforening). Den ble stiftet i Danmark i 1899 og etablerte seg i Norge i 2008.